تعنى عدة أقسام ووحدات بالعمل البحثي للمركز: وهي قسم الأبحاث، ووحدة تحليل السياسات، ووحدة برنامج قياس واستطلاع الرّأي العامّ العربيّ (المؤشر العربي)، ووحدة دراسات الدولة والنظم السياسية، ووحدة الدراسات الإيرانية، ووحدة الدراسات الاستراتيجية، وقسم التحرير، وقسم الإصدارات، ووحدة الترجمة، ووحدة ترجمة الكتب، والموقع الإلكتروني للمركز باللغتين العربية والإنكليزية، ولجنة (السيمنار العام)، ولجنة مشروع دراسات التحول الديمقراطي في الوطن العربي، ولجان المؤتمرات، إضافة إلى لجان علمية فرعية أخرى متخصصة.
